2014年1月10日，中国科学院在北京为2013年度中国科学院杰出科技成就奖获奖个人和集体隆重颁奖，中国科学院院长、党组书记白春礼为获奖个人和集体颁发奖章和奖杯。
2013年，院机关进行了职能调整，院杰出科技成就奖的评审组织工作也相应作了调整，一是进一步明确院奖的价值导向，注重重大产出，突出科技创新的原创性、突破性和实际贡献，按照6类重大成果产出、重要创新思想产出的标准，遴选做出突出贡献的集体和个人。二是调整评奖周期，每年评选不超过10个。三是评选工作更依靠专家。
2013年度参加院奖初评、函评及总评专家共有160位，其中，院外专家占69.3%，有国际专家35位。四是成立了任期制的评审委员会。从领域覆盖面和代表性角度，邀请国内53位各领域有影响的高水平专家，担任院杰出科技成就奖评审委员。
2013年，全院由单位或专家推荐的通用领域候选者共计38项，经5个专业评审组初评，17位通用领域候选者进入总评建议名单。中国科学院杰出科技成就奖评审委员会进行了严格评审，遴选出10个通用领域的研究集体和个人，并在报纸和网站公示。经2013年第11次院长办公会审定，决定授予“大亚湾反应堆中微子实验研究集体”等研究集体2013年度中国科学院杰出科技成就奖。
大亚湾反应堆中微子实验研究集体主要科技贡献：大亚湾反应堆中微子实验取得重大科学成果，发现了新的中微子振荡模式，测量了θ13, 对粒子物理学影响深远。该成果是在高能所提出原创性实验方案，经过8年的准备和建设，建成了国际领先水平的中微子实验站，完成了高质量的数据获取和物理分析基础上取得的。大亚湾实验使得我国的中微子科学研究一步跨入国际先进行列，并将继续保持领先地位。
水稻高产优质性状的分子基础及其应用研究集体主要科技贡献：水稻是世界上最重要的粮食作物之一，在我国农业生产中具有举足轻重的地位。面对提高水稻产量和品质的双重挑战，该研究集体成员综合运用遗传学、基因组学、分子生物学、生物化学、细胞生物学、作物育种学等方法对水稻产量与品质相关的重要农艺性状的调控机理进行了系统深入的研究，并将取得的基础研究成果应用于水稻高产优质的分子育种，育成了一系列优异水稻新品种。
持久性有机污染物研究集体主要科技贡献：持久性有机污染物（POPs）已对全球环境和健康构成严重威胁。该团队在POPs领域开展了长期系统的研究，是国际POPs研究领域最活跃的团队之一。团队提出的若干理论与方法不仅引领了学科发展，而且发展了一系列实用技术和标准，在国家POPs控制以及国际履约中发挥了重要的科技支撑作用；提出的垃圾焚烧、金属冶炼等行业POPs控制技术方案得到采纳和应用。
功能纳米结构及其器件研究集体主要科技贡献：以单原子/分子或它们的聚集体为基本单元，使之成为实用的纳米功能器件是当今科学技术与产业界的共同追求。
为了实现这一目标，针对该领域中的一些前沿基础科学与应用问题，该研究集体自2003年以来，以国家基金委的“优秀创新团队”为基础与起点，在单自旋、单电子、单原子与单分子层次上构造功能纳米量子结构，将其应用于锂离子动力电池和未来信息等器件中，做出了一系列居国际前沿或领先水平的重大原创性工作。
“蛟龙号”载人潜水器控制与声学系统研究集体主要科技贡献：中科院沈阳自动化研究所和声学研究所研究集体研制的“蛟龙号”载人潜水器控制与声学系统，具有自主知识产权，是支撑“蛟龙号”实现深海自动航行和悬停定位、高速水声通信、精细地形测绘、安全系统控制等功能的关键系统，实现了“蛟龙号”“三大国际领先技术优势”中的两项。
丹参多酚酸盐项目研究集体主要科技贡献：中药现代化研究对我国的人口健康、社会和经济的可持续发展有着重要的战略意义。丹参多酚酸盐项目研究团队创造性地提出以丹参乙酸镁为核心研制丹参新制剂的设想，通过十多年的艰辛努力，成功研制了“成分明确、质量可控、机理清楚、疗效确切、使用安全”的丹参多酚酸盐及其粉针剂，相关技术获得了中国及美国专利的授权。
干细胞多能性调控机理与转化研究集体主要科技贡献：以周琪研究员为学术带头人的“干细胞多能性调控机理与转化研究集体”，在干细胞相关基础与转化研究方面取得了多项引领性的研究成果，主要包括首次证明完全重编程的诱导多能性干细胞具有与胚胎干细胞相同的多能性水平，该成果被评价为“诱导多能性干细胞领域里程碑式的工作”；发现可以鉴别干细胞多能性的分子标识及其调控机制；实现了不同胚层细胞间的转分化；建立了单倍体胚胎干细胞系并获得首个存活的单倍体胚胎干细胞转基因动物，开辟了基因功能研究新途径等。